《櫻花大戰2》的故事從太正十四年春、大神從南美歸來重任花組隊長開始。在他們面前是新的敵人——以陸軍大臣、古代陰陽師後人京極慶吾、鬼王為首的“黑鬼會”，手下是由金剛、木食、水狐、火車、土蜘蛛組成的“五行眾”。而花組方面也補充了兩名新隊員，來自歐洲“星組”的意大利貴族少女織姬和沈默的德國少女蕾妮，而菖蒲的妹妹——藤枝楓則代替了死去的姐姐成為帝擊的副司令。在與黑鬼會的戰鬥中，魔神器再次成為雙方爭奪的對象，為了不讓櫻重蹈父親一馬的悲劇，大神毅然毀壞了魔神器，決心以花組自身的力量來守護和平。
此時的京極利用發動叛亂來轉移人們視線，令降魔復活，並召喚出了以帝都的怨念為能源的究極兵器——武藏，帝都再次面臨危機。初逢、相知、信任、別離……新花組再次出擊！ 《櫻花大戰2》的故事緊接一代，沉浸在一片和平之中的帝都，被新的不祥陰影所籠罩。從南美參加演習歸來的主人公大神一郎，再度受命擔任帝國華擊團，花組隊長。這次補充了兩名新隊員的花組所要面對的敵人是以鬼王為首的“黑鬼會”。而在與黑鬼會的頻繁戰鬥中，一個事關帝都安危的大陰謀漸露端倪…… 櫻花大戰原班人馬再度集結締造遊戲史上永恆經典！乘坐新·空中戰艦三笠的花組突入武藏內部，以二刀二劍儀式封印了降魔，鬼王（復活的真宮寺一馬）也擺脫了京極的控制，用自己的身體保護了女兒。最終，魔操機兵·新皇和京極被消滅，帝都又恢復了和平。而大神則再次離開花組，以海軍留學生身份遠赴巴黎留學……
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